1、潛伏期：1-4周。
2.不如淋病急，症狀拖延，時輕時重，但比淋病輕。大約50%患者有尿痛、尿道瘙癢等症狀。在第一次診斷中很容易被遺漏。女性非淋菌性尿道炎症較輕，無尿痛或輕微尿痛，可出現少量分泌物。有時宮頸也有炎症或侵蝕，宮頸分泌物中有大多數分葉白細胞（超過10倍）。
3、尿道分泌物少、稀、粘液或粘膜膿性。長時間不排尿（如早晨）尿道口可溢出少量稀釋分泌物。有時只表現爲早晨痂膜密封尿道口或污染內衣。檢查時，需要從後到前擠壓尿道，纔能有少量分泌物從尿道口溢出。有時患者有症狀，沒有分泌物，也沒有症狀和分泌物。
4.經常同時感染淋病。前者首先有淋病症狀。抗淋病治療後，淋球菌被青黴素殺死，衣原體和支原體仍然存在。感染1-三週後。臨牀上很容易被誤認爲淋病沒有治癒或復發。
5.治療不當或治療不及時可引起併發症(1)%)。如急性附睾炎、前列腺炎、結腸炎、咽炎。女性宮頸炎、宮頸糜爛、前庭腺炎、陰道炎、輸卵管炎、盆腔炎、異位妊娠、不孕等。
6.新生兒通過感染產道和生後3-13d可發生眼結膜炎，眼部有粘液膿性分泌物，也可無分泌物。但不侵犯角膜。出生後2-肺炎可發生3周。症狀加重，呼吸急促，但不發熱。其中一半的兒童患有眼結膜炎。
7.很少有患者伴有Reifer綜合徵：尿道炎、關節炎、角膜炎、結合膜炎和皮疹。
