非淋菌性尿道炎是一種多病因的綜合徵，30%～50%的非淋菌性尿道炎與沙眼衣原體有關，20%～30%爲解脲支原體感染，10%由陰道毛滴蟲、白色念珠菌、單純皰疹病毒、生殖支原體、腺病毒和桿菌等微生物引起衣原體和支原體對外環境抵抗力較弱，加熱56°C，5～10分鐘可將其殺死，常用消毒劑如福爾馬林、來蘇爾、石碳酸等也極易將其殺死。
