病毒性心肌炎的診斷主要爲臨牀診斷。根據典型的前驅感染病史，以及相應的臨牀表現、體徵，結合心電圖、心肌酶學檢查或是超聲心動圖、心臟核磁共振等檢查來協助診斷。確診則依賴心肌心內膜活檢檢查。在心肌酶學方面的改變會出現肌酸激酶以及同工酶的升高，在心肌炎早期出現升高；肌鈣蛋白也會出現升高或是陽性，它是評價心肌損害的特異性、敏感性的指標；心電圖方面的檢查：急性期心電圖異常改變會表現爲ST-T的改變，T波平坦、雙向或倒置，以及ST段水平樣擡高，以及出現束支傳導阻滯障礙、期前收縮，或是經常出現二聯律、三聯律、房室傳導阻滯，以及Q-T間期延長等；第三方面，心內膜心肌活檢則是心肌炎最爲特異性的診斷方法。對於病毒血清學檢查，則可以提示病毒感染這一方面的病因。如果滿足以下三項或是以上，則可以診斷是心肌炎：第一、共存的臨牀症狀；第二、證據表明心臟結構或功能缺陷或除外進行性局部冠脈缺血所致的心肌損傷；第三、心臟核磁共振提示局部延時對比增強，或是高T2信號表達；第四、心肌活檢或病理學檢查中存在炎性細胞浸潤表現，或是病毒基因組信號呈陽性。
