莫匹羅星軟膏和紅黴素軟膏並沒有好壞之分，兩種藥物適用人羣不同，需要結合患者的病情狀況，遵醫囑合理使用相應的藥物。
1、莫匹羅星軟膏：莫匹羅星軟膏針對革蘭陽性球菌有較強的抗菌性，對黃金色葡萄球菌也能產生效果，對於一些革蘭陰性菌也有一定的除菌性，所以這類感染的患者可以使用莫匹羅星軟膏進行治療，但是用藥需要遵醫囑。一部分患者在使用莫匹羅星軟膏後，可能會產生局部皮膚瘙癢以及燒灼感等反應。
2、紅黴素軟膏：紅黴素軟膏屬於一種大環內酯類的抗生素，對於大多數類革蘭陽性菌以及一部分革蘭陰性菌和非典型致病菌有一定的抗菌效果，所以這部分患者按照醫生的指導使用紅黴素軟膏可以起到比較好的治療效果，但是有部分患者可能會在塗抹藥物後出現過敏反應以及刺激症狀。
患者在治療期間，千萬不要自己更改藥物的使用方式，如果用藥後，身體有異常狀況，建議及時清洗藥物，同時前往醫院進行諮詢。
