甲亢治療中除了要根據病情選擇合適的治療方法外，也要在治療中注意一些問題，才能起到更好的治療作用。主要包括三個方面：
藥物治療中，定期檢查血常規：藥物治療分爲初期、減量期和維持期，由於某些抗甲狀腺藥物有一定的不良發應，如不及時檢查可導致肝損害，白細胞減少，甚至產生粒細胞缺乏症。所以在治療中一定要定期檢查血常規、肝功能，以免加重病情。
碘劑不宜單獨治療甲亢：碘不能抑制甲狀腺激素的合成，而能抑制其釋放，故碘治療後會迅速發揮其療效，但一個月後會產生“脫逸現象”，不僅完全喪失療效，而且使其他藥物難以控制甲狀腺毒素，因此不提倡單用碘劑治療。可用於手術前治療及搶救甲亢危象。
放射性碘治療甲亢不能一概而論：放射性碘治療的目的是利用甲狀腺高度攝取和濃集碘的能力、釋放出的β射線對甲狀腺的毀壞效應，破壞濾泡上皮而減少甲狀腺素分泌。選擇放射性碘治療，醫生要掌握其適應證和禁忌症，妊娠期婦女、哺乳期婦女、年齡小於25歲的患者禁止使用放射性碘治療。
