極少數耳垂囊腫會自己消掉，大多都不會自己消掉。如囊腫較小無需處理，囊腫較大時可手術治療。
耳垂囊腫是因皮脂腺排泄管堵塞出現的囊狀良性包塊，囊內容物通常爲液體。耳垂囊腫自愈的機率很低，只有極少患者的耳垂囊腫隨着時間推移逐漸縮小、消失，大多數患者的耳垂囊腫不會自己消掉，還可能有逐漸發展增大趨勢。
但因耳垂囊腫是良性病變，如囊腫較小，患者無明顯不適症狀，一般無需治療。但要注意避免經常揉搓、按摩、刺激患處，以免使囊腫快速增大或繼發感染。如耳垂囊腫較大，並有壓痛症狀，患者手術切除後，即可治癒疾病。如繼發感染，可進行局部溼熱敷，並服用阿莫西林、頭孢克肟等抗生素類藥物抗菌消炎，必要時切開引流，炎症得到控制後再手術切除。注意用藥需遵醫囑，不可擅自用藥。
