克羅恩病經常發生於中青年，目前認爲，克羅恩病不會對患者的生育能力造成顯著影響(包括男女性)，但是服用柳氮磺胺吡啶與雷公藤的男性患者可能面臨精子的數量減少、活性降低等風險。
在懷孕期間，誘導維持克羅恩病緩解非常重要，也是決定分娩成敗的關鍵因素。研究發現，懷孕期間如果合併克羅恩病處於活躍期，則早產與低體重兒的風險顯著升高。
目前用於克羅恩病治療的多數藥物均可在懷孕期間服用，除了甲氨喋呤(methotrexate)與沙利度胺(thalidomide)，TNF單抗(如英夫利昔單抗)也應當在孕期6個月之前停用。
總結，在懷孕前及懷孕期間均應當始終維持克羅恩病緩解，且選擇克羅恩病藥物時需謹慎，這些也是克羅恩病患者分娩成功與否的關鍵。
