克羅恩病雖不是一種很嚴重的疾病，但是任由其繼續惡化，可能會出現各種併發症，會使患者飽受病痛的折磨，甚至會產生一些心理障礙，影響正常的工作和生活，要想徹底治癒可能患病，首先從衣食住行方面做好調節，積極配合醫生的治療。
一、克羅恩病可合併腸瘻(內瘻或外瘻)。內瘻指病變腸段與其他腸段、膀胱、輸尿管、陰道或尿道等處形成交通;外瘻是指病變腸管與體表皮膚相通。合併腸瘻的患者常有腹腔膿腫，出現發熱、腹痛和腹部包塊。
二、肛周病變如肛周膿腫和肛瘻是克羅恩病常見的併發症，有些患者甚至是因爲反覆的肛周膿腫、肛瘻或肛瘻手術後傷口經久不愈而就診，經檢查才發現爲該病。許多患者出現腸腔狹窄或形成腸梗阻，梗阻部位多位於末端迴腸，其次爲結腸或十二指腸，針對性的藥物治療有可能改善狹窄症狀，但大部分狹窄和梗阻最終需要外科治療。
三、約20%的患者可有腸外表現，口腔潰瘍常反覆發作;眼部症狀包括視力模糊、流淚、眼部燒灼感和瘙癢感、疼痛、畏光、眼結膜充血、視力下降等，可導致失明或角膜穿孔，最常見的爲表層鞏膜炎，其次爲葡萄膜炎。
四、皮膚病變中結節性紅斑和膿皮病爲最常見的併發症，多見於四肢末端，其他的皮膚病變包括丘疹、白塞氏病、牛皮癬、白癜風等;骨關節病變以強直性脊柱炎較多見，其次爲類風溼性關節炎、骨質疏鬆症等。
五、肺部病變可表現爲哮喘、支氣管炎、支氣管擴張症;肝膽系統病變可見原發性硬化性膽管炎、脂肪肝、肝硬化等。此外，長期的病痛還可能使患者出現焦慮或抑鬱等心理症狀。
