胃腸炎通常因微生物感染引起，也可因化學毒物或藥品導致。典型臨牀表現爲腹瀉、噁心、嘔吐及腹痛。對於健康成人，胃腸炎通常只會引起不適感及生活上的不便，那麼導致胃腸炎的常見菌有哪些?
(1)大腸桿菌：是導致急性胃腸炎的非常重要的致病菌，可引起疾病的程度從輕度腹瀉、自限性腹瀉到死亡率高的嚴重腹瀉不等。腸出血性大腸桿菌是一種導致嚴重腹瀉的血清型桿菌，可引起出血性腸炎的暴發性流行。快餐廳裏的未熟的漢堡包及未經嚴格消毒的水果汁會帶有出血性大腸桿菌。該菌存在於牛體內，但不會使牛生病，可通過被污染的牛肉傳給人類。
(2)沙門菌：是一羣寄生於人類和動物腸道的一類桿菌，沙門菌屬細菌有很多類型，約400多種，如傷寒沙門菌、腸炎沙門菌等，有些以動物爲宿主，既能感染動物也能感染人，可引起人類食物中毒或敗血症，如豬霍亂沙門菌、鴨沙門菌、鼠傷寒沙門菌。沙門氏菌屬是引起急性胃腸炎的主要病原菌，其中以鼠傷寒沙門氏菌、腸炎沙門氏菌、豬霍亂沙門氏菌、雞沙門氏菌、鴨沙門氏菌較爲常見。
沙門菌須經口進入足夠量的細菌以克服機體的防護屏障(胃酸的作用、腸道正常菌羣)，直接定位於小腸，才能引發疾病。沙門菌有較強的內毒素，個別能產生腸毒素。不少沙門菌是人畜共患病的病原菌，人類可因食用患病或帶菌動物的肉、乳、蛋、乾的奶酪或奶油，以及當寵物飼養的甲魚、被病鼠尿便污染的食物而患病。水源被糞便污染常常造成暴發流行，傳播途徑主要是糞-口傳播，5歲以下的兒童佔所有病例的25％。
(3)弧菌：由霍亂弧菌和副溶血性弧菌引起的腹瀉在發展中國家比較常見。弧菌一般成活於水中，有嗜鹽性，食用生的或未熟的海產品(如海蜇、海蝦、貝類等)或鹽醃製品、容器或菜板生熟不分污染上弧菌，均可引起食物中毒或霍亂暴發。進食24～48小時後，病人會出現低熱、寒顫、頭痛和嘔吐，繼而腹瀉和腹痛，糞便爲水樣或血水樣，輕症可自愈，嚴重的病例應積極治療。霍亂是典型的腸毒素性疾病，典型症狀是持續大量的米泔樣便，大量的液體和鈉流失而導致脫水、休克。
(4)彎曲菌：廣泛分佈於家禽和野鳥的腸道內，可引起人類胃腸炎和敗血症。對人致病的有空腸彎曲菌、大腸彎曲菌等13種。該菌常通過污染飲食(主要是雞鴨肉)、牛奶、水源等而引起發病，症狀有痙攣性腹痛、血便或果醬樣便、頭痛、發熱。
(5)金黃色葡萄球菌：是一種常見的病原菌，存在於被污染了的高蛋白食物，如沙拉醬、火腿、家禽、馬鈴薯、蛋糕等。
病人食用了被污染的食品1～2小時後會發生嘔吐、腹瀉，6～10小時後好轉，儘管症狀發生的時間短暫，但是非常嚴重，甚至需要住院治療。
(6)產氣莢膜桿菌和蠟樣芽胞桿菌：由於產生毒素，也可以導致短期腹瀉的發生，產氣莢膜桿菌比蠟樣芽胞桿菌更常見於未熟的或重新加熱的肉類、家禽及肉湯、肉汁中。而蠟樣芽胞桿菌則常見於自助餐廳裏的蒸籠上。
