導致肛瘻的原因有細菌感染、真菌感染、壓力導致、直腸肛門損傷、肛周膿腫。
1、細菌感染：由於肛管直腸部位是“排污”的重要通道，細菌非常容易侵入肛隱窩、肛門腺導管和肛門腺體，造成感染髮病，逐漸形成膿腫，破潰而爲肛瘻。
2、真菌感染：結核桿菌、放線菌等感染所形成的膿腫，克羅恩病難以自愈而形成特殊性肛瘻。
3、壓力導致：壓力導致：直腸內有一定的壓力，將直腸感染物質，如糞便、氣體，經常不斷地從內口進入瘻道，刺激腔壁，繼發感染後由外口排出，是造成瘻道的原因。
4、直腸肛門損傷：來自消化道的骨性異物、金屬、肛表及肛門窺器檢查損傷肛管直腸，細菌侵入傷口即可引起肛周膿腫，不及時治療，都可導致肛瘻。
5、肛周膿腫：由於糞便滯留肛隱窩，引起肛腺炎，導致肛周膿腫，患者常不予以重視，肛周膿腫破潰後，外部破潰口和切口縮小，形成瘻管。
肛瘻是生活中比較高發的一種疾病，具有痔瘡的反覆性。患有肛瘻病的患者如果一旦患病就應該及時治療，儘量把對人體的傷害降到最低。但是如果不及時治療的話還能引起一些併發症，如此下來對身體和生活的影響就可想而知了。
