抗癲癇藥物對於人體會產生一定毒副作用，特別是長期服藥的患者，臨牀上常見的毒副作用主要包括對神經系統影響、血液系統影響、骨骼系統影響、消化系統影響、內分泌系統影響、免疫系統影響。
抗癲癇藥物最常見的毒副作用就是對於神經系統的影響，會導致患者頭暈、眼花、視物不清、走路不穩、嗜睡、焦慮、失眠，還可出現行爲異常、情緒改變、腦電圖改變等。有的患者還出現不自主運動、舞蹈樣動作、口面部肌肉運動障礙等。
長期口服抗癲癇藥的患者可出現血液系統改變，可發生貧血、粒細胞減少及粒細胞缺乏、血小板減少及凝血機制障礙等。
抗癲癇藥物對骨骼的影響是比較常見的，尤其是對正在生長髮育的兒童影響更大，可引起低血鈣、低血磷、小兒佝僂病和骨質脫鈣等。根本原因是由於藥物干擾了維生素D的代謝。
大部分抗癲癇藥物都會引發胃腸道反應，出現噁心、嘔吐、腹痛、腹瀉、食慾減退等症狀，並會對肝臟產生不同程度的損害，嚴重者可導致胰腺炎的發生。
抗癲癇藥物也會對內分泌及免疫系統造成影響，可能是由於藥物誘導激素代謝加快，免疫物質生成及代謝異常。
