肺部真菌感染根據感染致病菌不同，可劃分爲肺念珠菌病、肺麴黴病、肺隱球菌病等。
1.肺念珠菌病：肺念珠菌病主要由於感染肺念珠菌所致，高發人羣主要包括：糖尿病、腹部手術、腎功能不全、激素或抗生素治療、器官移植者等特殊人羣；主要表現爲發熱、咳嗽、咳痰、呼吸困難等呼吸道症狀。患者可按照醫囑使用氟康唑膠囊、伊曲康唑膠囊等藥物治療。
2.肺麴黴病：肺麴黴病包括：過敏性支氣管、侵襲性、麴黴球性。反覆哮喘要發作、麴黴抗原皮試陽性、血清沉澱素抗體陽性、中央囊狀支氣管擴張，是診斷肺麴黴病重要標準。患者可謹遵醫囑使用伏立康唑片、注射用米卡芬淨鈉等藥物緩解。
3.肺隱球菌病：肺隱球菌病主要包括：新生隱球菌及其變種。早期無明顯症狀，隨着病情深入，患者合併有急性肺炎性症狀；合併腦膜炎者則伴有頭暈、頭痛、嘔吐等症狀。患者可按照醫囑使用泊沙康唑腸溶片、氟胞嘧啶片等藥物改善。
除以上相對常見的類別外，還有肺孢子球菌病。
