體內的特異性抗體可以抵禦病原體的感染。這是因爲抗體可以和抗原結合，使抗原失去毒力或失去侵害機體細胞的能力，抗體還會協助其他免疫細胞發揮抵禦疾病的作用。從理論上講，體內如果有針對疫苗的抗體可以降低或完全消除疫苗的免疫反應。
但是，這種抗原-抗體的反應一般只會影響減毒活疫苗的作用，對滅活疫苗沒有影響。例如：新生兒體內有來自於母體的麻疹抗體，所以在出生後8個月以前接種麻疹減毒活疫苗，常常導致免疫失敗。這是因爲減毒活疫苗包括的抗原很少，接種後必須先在體內複製，然後才能誘導機體產生抗體。可是，體內如果有針對疫苗抗原的抗體，疫苗在體內還沒有複製就被抗體消滅了。
因此，減毒活疫苗不能與免疫血清或免疫球蛋白同時使用，接種了減毒活疫苗後，至少2周以後才能使用含有抗體的血液製品;如果已經輸注了含有抗體的血液製品，接種減毒活疫苗(如麻疹疫苗)的時間至少要間隔3個月，血製品使用後甚至要間隔11個月才能接種減毒活疫苗。但是，這種情況也有例外。
體內的抗體對卡介苗沒有影響，因爲卡介苗的免疫作用與抗體。對口服和鼻腔內接種的減毒活疫苗也無明顯影響，如：口服脊髓灰質炎疫苗、口服輪狀病毒疫苗、口服傷寒菌苗、鼻腔內接種的流感減毒活疫苗，因爲這些疫苗只在腸道和鼻腔的接種部位複製，誘導局部產生抗體，不會進入血液。
在我國，黃熱病疫苗不受血液製品的影響，因爲我國屬於非黃熱病疫區，很少有人體內存在黃熱病抗體，血液製品中也不會含有黃熱病抗體。因此，使用血製品後仍可以接種黃熱病減毒活疫苗。
滅活疫苗通常不受體內抗體的影響。這是因爲滅活疫苗的抗原劑量足夠，進入體內後可很快刺激免疫系統產生抗體。有時(疾病暴露後預防)，免疫球蛋白甚至可以和疫苗同時應用(主動-被動聯合免疫)。例如：狂犬病暴露後，可以在傷口周圍注射狂犬病免疫血清或免疫球蛋白，然後再接種狂犬病疫苗。
乙型肝炎病毒感染的母親所生的新生兒在出生12小時內立即注射乙型肝炎免疫球蛋白，然後24小時內接種乙型肝炎疫苗。需要注意的是，這種疾病暴露後預防一般要先注射免疫球蛋白，後接種疫苗，而且兩者要注射在身體的不同部位。
