治療寶寶營養不良，首先最重要的是調整飲食，輕、重度營養不良患兒，因消化能力尚好，可給予容易消化的食物，並供給大量維生素類，儘可能使糖、脂肪和蛋白質的比例符合3：2：1，每日每公斤體重供給熱量170～250焦耳。若消化與吸收良好，每隔兩三天酌情適當增加。其次是給患兒服各種消化酶，如胃蛋白酶、胰酶，幫助消化。口服維生素B1、B6與C等。中醫推拿捏脊療法也有一定療效。極重度營養不良者應住院治療。
預防寶寶營養不良症，主要從新生兒開始進行科學餵養。嬰兒期儘量採取母乳餵養，特別是早產兒更應設法母乳餵養。母乳不足可採用人工餵養或混合餵養，並按時添加輔助食品。爲嬰幼兒制定科學生活制度，糾正不良的生活習慣，保證有充足的睡眠時間，進行合理的室外活動，鍛鍊身體。這樣，能促進食慾，有助於消化能力的提高。對患兒患有其他慢性疾病的，應積極給予治療，消除病因後，營養不良的情況會得到改善。
