治療胃腸功能紊亂的藥物一般包括下述幾類藥物：
各種因素的刺激導致中樞神經或胃腸道神經調節紊亂，是引發胃腸功能紊亂的主要病因，所以需要積極使用谷維素片、維生素B1片、刺五加片等營養神經類藥物進行對因治療；
胃腸功能紊亂患者易出現焦慮、失眠、煩躁不安等神經系統症狀，對於這種情況需要按醫囑使用艾司唑侖、氯丙嗪等鎮靜劑進行對症治療；
胃腸功能紊亂的患者，如果出現了腹部陣發性疼痛症狀，多考慮與胃腸道平滑肌過度收縮有關。需按醫囑服用顛茄片、山莨菪鹼片等解痙止痛類藥物進行對症治療；
胃腸功能紊亂期間患者還可因胃腸道動力不足引發腹脹、嘔吐症狀。腹脹嘔吐明顯者，可按醫囑服用甲氧氯普胺片、維生素B1片、多潘立酮片等止吐藥進行對症治療；
胃腸功能紊亂期間，患者會因胃腸道的消化吸收能力下降引發腹瀉或便祕症狀。腹瀉期間可服用蒙脫石散、鞣酸蛋白片等止瀉藥物進行對症治療。便祕期間可服用酚酞片、蘆薈膠囊等通便藥物進行對症治療。
