男性如果發現有非細菌性前列腺炎的症狀，應及時到醫院檢查確診，如確實患上此種疾病，則按照醫生的治療方案進行治療。慢性非細菌性前列腺炎多采用綜合方法治療。
1、藥物治療
非細菌性前列腺炎患者雖然常規細菌檢查未能分離出病原體，但可能仍然與某些特殊病原體有關。因此有必要的時候仍需要做抗菌治療。或使用消炎、止痛藥。一般使用消炎痛內服或栓劑，使用消炎、清熱、解毒、軟堅藥物可患者改善患者的症狀，理論上可清除活性氧成分，減輕炎症，緩解疼痛，是可用的輔助治療方法。
使用中藥，中醫辨證論在慢性前列腺炎治療中起着重要作用，大部分中藥對身體的副作用也較小，但藥物效果較爲緩慢，患者可根據自身情況選擇，或可作爲調理、輔助治療用。
α-受體拮抗劑治療。前列腺炎患者的前列腺、膀胱頸及尿道平滑肌張力都增加，排尿時後尿道內壓增高致尿液反流入前列腺管，用α受體拮抗劑有效地改善前列腺痛及排尿症狀，能有效防止感染復發。α受體拮抗劑宜用較長療程，使有足夠時間調整平滑肌功能，鞏固療效。
2、物理治療
前列腺按摩可排空前列腺管內濃縮的分泌物以及引流腺體梗阻區域的感染竈，因此對頑固病例可在使用抗生素的同時每3～7天做前列腺按摩。多種物理因子被用作前列腺理療，如微波、射頻、超短波、中波和熱水坐浴，對鬆弛前列腺、後尿道平滑肌及盆底肌肉，加強抗菌療效和緩解疼痛症狀有一定好處。
3、其他治療
（1）前列腺按摩是傳統的治療方法之一，研究顯示適當的前列腺按摩可促進前列腺腺管排空並增加局部的藥物濃度，進而緩解慢性前列腺炎患者的症狀，故推薦爲慢性非細菌性前列腺炎的輔助療法。
（2）生物反饋治療研究表明慢性前列腺炎患者存在盆底肌的協同失調或尿道外括約肌的緊張。生物反饋合併電刺激治療可使盆底肌鬆弛，並使之趨於協調，同時鬆弛外括約肌，從而緩解慢性前列腺炎的會陰部不適及排尿症狀。
（3）熱療主要利用多種物理手段所產生的熱效應，增加前列腺組織血液循環，加速新陳代謝，有利於消炎和消除組織水腫，緩解盆底肌肉痙攣等。短期內有一定的緩解症狀作用，但長期效果不明確。對於未婚及未生育者不推薦使用。
（4）前列腺注射治療經尿道前列腺灌注治療療效與安全性均爲得到證實。
