前列腺液培養髮現致病病原體是選擇抗菌藥物治療的依據。非細菌性前列腺炎患者若有細菌感染徵象，經一般療法治療無效，亦可適當採用抗菌藥物治療。抗菌藥物的選擇需注意前列腺腺泡與微循環間存在由類脂膜構成的前列腺-血屏障，妨礙了水溶性抗生素通過，大大降低了治療效果。當有前列腺結石存在時，結石可成爲細菌的庇護體。上述諸因素構成了慢性細菌性前列腺炎治療上的困難，需要較長的療程，且容易復發。
1、目前多主張喹諾酮類藥物如氧氟沙星或左旋氧氟沙星。若無效繼續用8周。復發且菌種不變，改用預防劑量以減少急性發作，使症狀減退。長期應用抗生素若誘發嚴重副反應，如假膜性腸炎、腹瀉，腸道耐藥菌株滋長等，需更換治療方案。非細菌性前列腺炎是否適宜使用抗菌藥物治療，臨牀上仍有爭論。“無菌性”前列腺炎患者也可使用對細菌和支原體有效的藥物，如喹諾酮類藥物，SMZ-TMP或單用TMP，與四環素、喹諾酮類藥物並用或間隔使用。如果抗生素治療無效，確認爲無菌性前列腺炎者，則停用抗生素治療。此外，用雙球囊導尿管封閉前列腺部尿道，從尿道腔注入抗生素溶液反流入前列腺管，亦可達到治療目的。
2、I型主要是廣譜抗生素，對症治療和支持治療。Ⅱ型推薦以口服抗生素爲主，選擇敏感性藥物，療程爲4-6周，期間應對患者進行療效階段性評價。Ⅲ型可先口服抗生素2～4周，再評估療效。同時輔以非甾體抗炎藥，α-受體拮抗劑，M-受體拮抗劑等改善排尿症狀和疼痛。IV型無需治療。
3、非甾體抗炎藥可改善症狀，一般使用消炎痛內服或栓劑，中藥使用消炎、清熱、解毒、軟堅藥物亦收到一定效果。別嘌醇能降低全身及前列腺液中的尿酸濃度，理論上它作爲自由基清除劑，還可清除活性氧成分，減輕炎症，緩解疼痛。不失爲可選用的輔助治療方法。
4、前列腺按摩可排空前列腺管內濃縮的分泌物以及引流腺體梗阻區域的感染竈，因此對頑固病例可在使用抗生素的同時每3～7天做前列腺按摩。多種物理因子被用作前列腺理療，如微波、射頻、超短波、中波和熱水坐浴，對鬆弛前列腺、後尿道平滑肌及盆底肌肉，加強抗菌療效和緩解疼痛症狀有一定好處。
5、對伴有膀胱功能過度活動症表現如尿急，尿頻，夜尿增多但無尿路梗阻的前列腺炎患者，可以使用M-受體拮抗劑治療。
6、前列腺痛、細菌性或非細菌性前列腺炎患者的前列腺、膀胱頸及尿道平滑肌張力都增加，排尿時後尿道內壓增高致尿液反流入前列腺管，是引起前列腺痛、前列腺結石及細菌性前列腺炎的重要原因，應用α受體拮抗劑有效地改善前列腺痛及排尿症狀，對防止感染復發有重要意義。α受體拮抗劑宜用較長療程，使有足夠時間調整平滑肌功能，鞏固療效。
7、前列腺按摩是傳統的治療方法之一，研究顯示適當的前列腺按摩可促進前列腺管排空，增加局部藥物濃度，進而緩解慢性前列腺炎的臨牀症狀。熱療主要利用多種物理手段所產生的熱效應，增加前列腺組織血液循環，加速新陳代謝，有利於效應和消除組織水腫，緩解盆底肌肉痙攣等。
8、外科治療可用於反覆發作的慢性細菌性前列腺炎。前列腺摘除能夠達到治癒的目的，但是要慎用。由於前列腺炎通常累及腺體的外周帶，因此，前列腺電切術難以達到治療的目的TURP能夠去除前列腺的結石和前列腺導管附近的細菌感染病竈，有益於降低外周帶病竈的再感染。慢性細菌性前列腺炎可導致反覆尿路感染及不育。
