嗜酸細胞性胃腸炎可通過實驗室檢查和影像學檢查確診。具體來說，
一、實驗室檢查
1、血液檢查80%的患者外周血嗜酸性粒細胞增加，以粘膜和粘膜下層的病變和肌層的病變爲主的患者(1~2)×109/L、漿細胞的病變爲主的情況下，可以達到8×109/L、缺鐵性貧血、血清白蛋白降低、血IgE增高、血沉增加快。
2、糞便檢查嗜酸性胃腸炎糞便檢查的意義是排除外腸寄生蟲感染，夏科雷登(Charcot-Leyden)結晶，通常檢查潛血呈陽性，部分患者有輕度中度脂肪瀉，Cr顯示白蛋白增加，α-抗胰蛋白酶清除率增加，D-木糖吸收試驗異常。
二、影像學檢查
1、x線檢查中嗜酸性胃腸炎缺乏特異性，x線鋇飲食可見粘膜浮腫，皺紋擴大，結節樣充滿缺損，胃腸壁增厚，腔狹窄，堵塞。
2、CT檢查發現腸胃壁增厚，腸繫膜淋巴結腫大或腹水。
3、內鏡和活檢適用於粘膜和粘膜下層病變爲主的嗜酸性細胞性胃腸炎，鏡下可見粘膜皺紋粗大、充血、浮腫、潰瘍或結節，活檢病理證明大量嗜酸粒細胞浸潤，確診有價值，但活檢組織以肌層和漿膜層受牽連爲主的患者價值少，有時需要手術病理證明。
4、腹腔穿刺腹水患者必須診斷性腹腔穿刺，腹水爲滲出性，含有大量嗜酸性粒細胞，必須用腹水塗層染色，區分嗜酸性粒細胞和中性粒細胞。
5、腹腔鏡檢查腹腔鏡下缺乏特異性表現，輕者只有腹膜充血，重者與腹膜轉移癌相似，腹腔鏡檢查的意義是進行腹腔粘膜組織活檢，接受病理診斷。
6、手術探測懷疑嗜酸細胞性胃腸炎一般不能剖腹探測術，但有腸梗阻或幽門梗阻或腫瘤時進行手術。
