1、病原學檢測
由於真菌廣泛分佈在自然界，甚至空氣中也經常有孢子飛揚，在採集糞標本和檢測操作中，應儘量減少污染，標本應新鮮。有些真菌感染性強，如莢膜組織細胞漿菌，應注意安全防護，以免實驗室人員感染。
(1)直接鏡檢標本:用氫氧化鉀和生理鹽水製成10%，在高倍鏡下發現大量菌絲和孢子具有診斷意義。對於雙相型真菌，只發現孢子可能是正常的帶菌。黴菌性腸炎的6種常見病原往往可以直接通過鏡子檢查進行鑑定，但孢子、菌絲和其他背景物質有時會混淆，難以識別。
①菌絲和孢子：菌絲粗細一致，除毛黴菌外均有分隔，可見不同角度的分支，細胞質均勻，內含大小不等的顆粒。孢子多爲圓形或卵圓形，多數大小一致，邊緣整齊，可見細胞構造。
②細胞壁：在氫氧化鉀溶液處理的標本中，細胞壁常變寬，連接成弧狀，類似菌絲，但無菌絲的構造。
③石棉體：比菌絲更細，不分節，無菌絲顆粒。
④植物纖維:未消化的食物殘渣，邊緣不整齊，無分支。
⑤脂細胞:圓形，結構模糊，無細胞壁。⑥磷脂球:大小不同，形狀不整齊，無細胞結構。
⑦氫氧化鉀結晶：雪花樣或珊瑚狀，邊緣呈鋸齒形，折光性強。
⑧小水皰：圓形，透亮，無細胞構造。
(2)染色鏡檢查常用的染色方法:
①革蘭染色:念珠菌、孢子、菌絲染藍，但着色不均勻。
②碘酸錫夫染色(PA5):真菌孢子、菌絲染紅。
③女孩橙染色:熒光顯微鏡下真菌孢子呈明亮綠色。
④健身房染色和瑞特染色:適用於莢膜組織細胞漿菌，染色前用甲醇固定，油鏡下細菌染紅，小端發芽，細菌周圍有莢膜樣結構，爲此細菌細胞壁。通常菌體位於巨食細胞或單核細胞內，少數位於細胞外。
⑤乳酸酚棉藍染色:適用於各種真菌培養塗層，菌體染藍。
(3)真菌培養:糞標本直接鏡檢通常不易確定菌種，參考糞培養結果，觀察菌落形態，選擇菌落染色鏡檢。常用沙保培養基和血瓊脂培養基。對於雙相型真菌還需在不同溫度下（25℃或37℃）分別培養，以便觀察其形態改變。
①大培養：是鑑別真菌的主要方法之一，可觀察菌落的生長情況。根據菌落的生長速度、形態、色澤等，初步判別菌種。
a。試管斜面:用白金環刺破瓊脂平面，3點將標本連接到試管斜面培養基礎上。這種方法不易污染，但菌落小。
b。培養盤:3點將標本連接到平盤培養基的中央，倒置後放入恆溫箱培養，每3天觀察一次菌落生長情況。
②小培養:將大培養中生長良好的菌落接種在玻璃培養基礎上。培養1~3天后，在顯微鏡下觀察菌體的特徵。
a。點法:將少量培養基成形在載玻片的中央，將菌種接種在培養基的邊緣。覆蓋玻璃，放入帶u形管的玻璃盤中，培養後在不同時間取出鏡子觀察或染色鏡檢查。
b。壓片法:將菌種接種到試管斜面或平盤培養基礎上，覆蓋玻璃，使菌體生長在蓋玻璃上，在適當的時間取出放置在蓋玻璃上進行鏡檢。
2、組織病理學檢查
有些真菌屬於人腸道內正常菌羣，如白念珠菌。另外，由於真菌污染問題廣泛，糞標本病原學檢查的診斷價值有限，有時需要結合腸鏡活檢結果進行綜合判斷。
(1)麴菌感染病理變化:具有診斷意義，包括
①炎症:急性滲出性炎症。
②潰瘍的形成:麴菌侵犯血管，血管破壞，血栓和組織壞死的潰瘍大小不同，形態不同，可深入肌層，底面粗糙，膿性滲出。
③肉芽腫:由上皮細胞和巨食細胞構成，伴有中性粒細胞、淋巴細胞或漿細胞浸潤。
④化膿性變化:粘膜下形成小膿腫，大量中性粒細胞浸潤，其中可見菌絲。
(2)病理切片中發現真菌孢子和菌絲是侵襲性腸炎的直接證據，具有肯定的診斷意義。染色方法包括:
①碘酸錫夫染色:真菌變紅。
②烏洛托品銀染色:真菌變黑。
③女孩橙熒光染色:真菌變黃或變紅熒光。
3、免疫學檢查
(1)真菌素皮膚試驗:用念珠菌、麴菌、組織細胞漿菌、副球孢子菌等真菌素或細菌苗，按稀釋比例進行皮膚過敏試驗，48小時後直徑5mm以上硬結或紅斑陽性，對診斷臨牀症狀不典型的患者具有參考價值。
（2）血清抗原檢測：病原真菌被人體吞噬細胞等處理降解後，細胞壁和細胞漿抗原遊離於血循環中，未被清除者可經酶免疫法（EIA）、間接血凝試驗、免疫印跡法等檢測。加熱休克蛋白是真菌細胞漿的抗原。對於腫瘤併發性侵入型念珠菌病，發病後24小時內檢測出50%的陽性，特異性達到96%。又如用ElA法檢測麴菌腸炎患者血清中的細胞壁抗原和能與刀豆素A結合的相關抗原，有早期診斷價值，定量檢測抗原水平達100μg/ml時，可對真菌培養陰性者做出確診。
(3)血清抗體檢查:補體結合試驗對診斷組織細胞漿菌腸炎有一定價值，可參考皮膚試驗結果綜合判斷，排除假陽性。間接熒光素標記抗體定量試驗可用於診斷念珠菌腸炎。另外，對流免疫電泳、乳膠凝集試驗、ELA等常用方法，後者最敏感。但是，對於伴有艾滋病等免疫功能的患者，抗體檢查容易出現假陰性。
（4）蝟集反應（cumping reaction）：念珠菌病患者血清內有一種蝟集因子和抑制蝟集現象的干擾物，前者可抑制由念珠菌在試管中的活力。血清蝟集反應在正常人普遍存在，但感染念珠菌後，由於干擾物增多，蝟集現象被抑制。
4、動物接種試驗
對於糞標本真菌培養的菌落，其致病性如何，可進一步通過動物接種加以鑑定。
(1)接種方法:刮掉培養基上的菌落，研碎，加入生理鹽水稍微振動，過濾菌絲，製作孢子混懸液，濃度在108/ml左右，注入動物體內。根據動物的大小和接種方法，劑量爲0.2~1.0ml，多次接種可以加強動物的致病性。
(2)動物的選擇和接種方法:根據菌種的不同，動物的感染性也不同，應選擇適當的動物和不同的接種途徑:
①白念珠菌:兔靜脈注射或鼠腹腔注射。
②麴菌:選擇兔子、小雞靜脈或腹腔注射。
③毛黴:選擇兔靜脈注射。
④組織細胞漿菌:細菌液加入胃粘液素5%，選擇老鼠或老鼠腹腔注射。
⑤副球孢子菌:在豚鼠睾丸內注射。
⑥地絲菌:動物不生病。
(3)動物解剖:解剖前將動物放入苯酚溶液中消毒，在無菌條件下檢查相應組織、器官的病理變化，將病竈材料直接塗抹和真菌培養。解剖後的動物屍體應火化，不得埋入土中，以免病菌擴散。
利用氣相色譜法測量血清中真菌代謝產物或分解產物濃度，對確診侵襲型真菌性腸炎具有一定的參考價值。如念珠菌胞壁上的甘露聚糖經水解後產生甘露糖，其血清濃度在念珠菌菌血症常大於800µg/ml，念珠菌腸炎在600～800µg/ml之間，正常人低於600 µg/ml。現代分子生物學技術飛速發展也爲深部真菌病的診斷開闢了新的途徑。核配探針雜交和PCR技術可以測量真菌的特異性基因片段，敏感快捷，目前國內外已經開展。
