疫苗通常是減毒或滅活的病毒，注射到人體，可能會產生不良反應。不同個體的不良反應不同。並非每個新生兒注射乙型肝炎疫苗後都會出現不良反應，有些新生兒注射乙型肝炎疫苗後，不會出現不適症狀。少數新生兒會出現發熱、皮疹、哭鬧等不良反應。
新生兒注射乙型肝炎疫苗可能發生的反應
1、輕度過敏反應。有些寶寶接種後會出現皮膚髮紅或者低燒的現象，這個時候注意多喝水，促進疫苗中部分敏感物質的排放，同時注意休息，一般兩三天後恢復正常。
2、高熱疹現象。注射乙型肝炎疫苗也可能發高燒，皮膚瘙癢，注意抗過敏治療，在醫生的指導下可以選擇，通常需要5天才能恢復正常。
3、皮疹現象的治療。針對注射疫苗後出現的皮疹，一定要注意避免抓撓，以免抓撓出水引起皮膚感染，甚至引起細菌感染，導致細菌血症甚至敗血症，所以爲了避免這些後果，可以使用一些外用藥物來止癢。
嬰兒接種乙型肝炎疫苗的注意事項
除了處理嬰兒的不良反應外，還要注意保持嬰兒注射的局部衛生，注射場所3天內不要擦拭，以免引起局部感染。同時要注意給寶寶多休息，多喝水，尤其是對於發燒現象的寶寶，多喝水有利於退燒
