巨結腸手術是否是大手術，不能一概而論，主要取決於患者的病情輕微程度。病情輕微的患者，小手術就可以治癒。如果病情嚴重，手術過程就會複雜些，甚至術後恢復不好，需要再次手術，屬於大手術。
患腸比較短的患者，以及普通巨結腸患者，可以通過微創手術方式，非常簡單，不開腹，直接通過肛門完成。直接切除患腸，將直腸末端於正常功能的結腸吻合。隨着現在巨結腸手術技術的發展，患者的開刀面積小，很少出血，且術後恢復快。有些人會擔心孩子的美麗，大可不必，該手術是微創，基本沒有疤痕。
先天性巨結腸，大部分可以痊癒，千萬不要諱疾忌醫，如果是微創的小手術，只需一千左右，不會有特別大的經濟壓力，大家要積極治療。
但是，如果患腸比較長，或者是結腸炎，且比較嚴重，則需要做大手術結腸切除直腸後結腸拖出術、直腸粘膜剝離結腸於直腸肌鞘拖出切除術等。
這些手術花銷大，後續的治療比較複雜‘，並且需要開腹，這樣的大手術需要大家考慮清楚。
