自體表皮移植作爲一個治療白癜風療效較爲顯着的治療方法，並不是對所有的患者都能用。自體表皮移植術的適用範圍與其他外科療法一樣，都是靜止期患者，且對侷限型、節段型白癜風效果較好。
首先，以影響美容的部位爲首要選擇。
表皮移植首要選擇影響美容的部位，如面部、頸部及其他外露部位的白斑進行治療。從部位選擇上來講，位於平坦處、活動度小的皮損治療效果好。但是對於長期、大量使用過激素類外用藥，導致表皮萎縮、表皮與真皮有不同程度粘連及毛細血管擴張的白癜風患者，療效不佳。
其次，活動期白癜風患者不宜進行表皮移植術。
活動期的白癜風病損部位還在發展擴大，如行表皮移植術，局部移植解決不了問題，還可能發生同形反應，反而使白斑擴大。因此此時行表皮移植術效果不好，成活率低，需要在其他療法(如藥物)治療控制病情後，才能考慮用表皮移植。
此外，由於抗甲狀腺抗體與白癜風的發病有着密切的關係，因此伴有甲亢等自身免疫性疾病的白癜風患者，不宜進行表皮移植術。
