兒童流清鼻涕最有效的治療方法即是對因治療，如是因上呼吸道感染所致，可服用抗感冒藥物，並配合中醫按摩緩解症狀；因鼻炎所致，需明確鼻炎類型對症用藥，並遠離過敏源。
如兒童流清鼻涕的症狀持續3-5天，考慮是外感風寒或是病毒感染引起的上呼吸道感染，可以給予小兒感冒顆粒、小兒氨酚黃那敏顆粒、對乙酰氨基酚口服溶液等藥物治療。如流涕情況嚴重，可用溫熱紗布溼敷鼻樑，促進局部血液循環，以緩解症狀。或點揉按摩開天門、迎香穴等穴位，以緩解鼻塞流涕等症狀。
若兒童流涕持續時間較長，超過10天以上，甚至1個月，即可能是過敏性鼻炎所致，此時需要口服抗過敏藥物，如氯雷他定片、鹽酸西替利嗪口服溶液，並配合內拿舒等鼻噴劑，以消除過敏症狀。日常也需遠離花粉、動物毛髮、蟎蟲等過敏源，堅持早晚用海鹽水進行鼻腔護理，也能提高鼻腔抗病能力。
