引起少精子症的原因比較多，應該在治療之前先確定病因，然後根據實際情況確定治療方案。
消除感染
如果有感染可能，如急慢性睾丸炎、附睾炎、前列腺炎、精囊炎等，應該檢查解脲支原體、沙眼衣原體、抗生殖支原體等，還要分別感染的部位，是精囊炎還是前列腺炎。感染引起的精子異常，一般在感染消除之後會逐步恢復的。
內分泌功能異常引起的少精症
一部分患者服克羅米芬可提高精子數量，每日25mg，每月服25日，停5日，6-12個月爲一療程。有報道長期服用可降低形態正常精子的百分率,故目前推薦用低劑量療法,即隔日25mg。也可以採用人絨毛膜促性腺激素1000u,每週肌肉注射2次，8-10周爲一療程;同時可每日內服維生素E100-200mg，連服3-4個月。
精索靜脈曲張引起的少精症
如果不嚴重，或者病程比較短，可以使用中藥化瘀通管膠囊加促精寶膠囊治療。對於病情嚴重的，可作精索靜脈結紮術，一般在術後1年精子密度升高者約50%-80%以上。對於手術後恢復速度不理想者，可以使用促精寶膠囊治療。
沒有明顯病因引起的少精症
要檢查患者身體的微量元素，比如鋅元素等。補鋅對少精和死精症有一定療效，服藥後精子數量明顯增加。由於鋅和銅的拮抗作用，補鋅同時治療高銅。一般每次口服葡萄糖酸鋅50-100mg，每日2次，3個月爲一療程，也有采用硫酸鋅治療的。
必要時補充精氨酸
精氨酸是生成精子的必要成分，少精症患者的精液中，精氨酸含量明顯低於正常男性。補充精氨酸，每日口服4克，連續10周，可以使精子計數提高、活力上升。
