由於口腔潰瘍病因尚不明確，目前仍無根治的特效方法。治療原則是消除病因、增強體質、對症治療，以減少復發次數，延長間隙期，減輕疼痛，促進癒合。治療主張全身和局部、中醫和西醫、生理和心理相結合。以下是近年國內外報道的西醫治療口腔潰瘍的方法：
1、局部物理治療：包括激光、低頻超聲、化學腐蝕(如：硝酸銀)、物理屏障(如：氰基丙烯酸鹽粘合劑)。
2、局部抗菌藥物：氯己定含漱液、金黴素藥膏。
3、局部皮質類固醇：氫化可的鬆或氟輕氫化潑尼鬆龍(triamcinolone)藥膜、倍氯米鬆含漱液或噴霧劑等。
4、局部止痛劑：苄達明(benzydamine)含漱液或噴霧劑、局部麻醉凝膠。
5、其他局部抗炎製劑：氨來諾(amlexanox)、色甘酸鈉(sodiumcromoglycate)止咳糖漿、前列腺素E2膠、局部粒細胞一巨噬細胞刺激因子、阿司匹林含漱液、雙氯酚酸(diclofenac)、胃潰寧(sucraifate)。
6、全身用藥：潑尼鬆龍(prednisolone)、咪哇硫嘌呤(azathioprine)、左旋咪唑(levamisole)、秋水仙素(colchicine)、貝通(pentoxifylline)、氨苯碸(dapsone)、甲氰咪胍(cimetidine)、轉移因子等。
