肝內膽管結石後遺症包括肝膿腫及支氣管膽瘻，肝膽管狹窄，膽道出血及反流性膽管炎。
1、肝膿腫及支氣管膽瘻
肝內膽管結石可併發急性梗阻性化膿性膽管炎，若出現此情況，易導致肝膿腫，其臨牀症狀表現和急性化膿性膽管炎非常相似。若膿穿破至肺，就會形成支氣管膽瘻，從而出現咳嗽咳膿現象。
2、肝膽管狹窄
肝內膽管結石會致膽管壁反覆炎症損傷及修復，長此以往，易使膽管出現纖維化性狹窄。
3、膽道出血
若肝內膽管結石引發反覆炎症，會使膽管和相鄰血管相通時出現膽道出血問題，其臨牀表現主要是消化道出血、腹痛及發熱。
4、反流性膽管炎
肝內膽管結石可通過手術治療，但術後易出現反流性膽管炎問題。若做膽管吻合或膽管空腸吻合，出現反流性膽管炎的機率高達70%，若做肝門膽管切開成形肝腸吻合，反流性膽管炎發生率在30%左右。
