生殖器皰疹是否嚴重根據具體病情而定，如果發病部位於局部，及時治療可控制病情。但病情較重，或自身免疫性問題，發生器官轉移，危害性較大。 大多數生殖器皰疹病變集中在外，且侷限，如局部水皰、疼痛、糜爛、局部淋巴結腫大等。 不嚴重，及時進行治療，可控制病情。 若嚴重型生殖器皰疹，或治療不徹底存在自身免疫性問題，此時危害性較大。導致傳播皰疹不侷限於外生殖器區域，可傳播至皮膚、內部器官，甚至腦膜內。嚴重時引起播散性腦膜炎等。
