尿道下裂是一種隱性遺傳疾病。臨牀數據顯示，大概有20%到50%尿道下裂與遺傳因素有關係，但即使有尿道下裂家族史，也不一定100%會患病。 有些尿道下裂具有一定遺傳性。如果曾經生過一個尿道下裂患兒，其他孩子出現尿道下裂可能性爲10%。不過出現尿道下裂後也不用過於擔心，早發現、早治療，可以恢復到正常功能。而且這種疾病並不是絕對受遺傳因素控制，有尿道下裂家族史的人也不一定患病。 盲目備孕期促排卵的藥物，或懷孕後應用過抗癜癇藥物，受到過放射線、輻射影響，會影響胎兒發育，可能出現先天性尿道下裂。
