大腸癌可在結腸鏡下治療，近年來隨着技術的發展，治療的方法也越來越多，可將腫瘤進行切除、凝固、汽化，或使之壞死、脫落，或治療腫瘤引起的狹窄梗阻、出血併發症。臨牀常用的方法有以下幾種：高頻電刀粘膜切除法、熱消融療法、微波療法、腫瘤局部注射、光動力治療等，可根據具體情況和腫瘤的分期分型進行選擇，亦可採取兩種和多種方法聯合應用，提高療效。
(1)早癌黏膜切除術
內鏡下粘膜切除術(endoscopic mucoresectomy，EMR)治療早期大腸癌，是隨着內鏡治療技術不斷進步逐漸發展起來的。針對腫瘤的大小和深淺，可採取圈套、切割等方法，將早期腫瘤完全切除。
(2)熱消融術
可在結腸鏡下采取激光、高頻電刀、氬氣刀、射頻和微波等熱消融術，對腫瘤進行高溫凝固、切割、氣化等治療。適應證爲：
①早期大腸癌：黏膜下較表淺、無淋巴結轉移的早期大腸癌熱消融可達根治效果。
②晚期大腸癌：主要針對合併梗阻的患者，可以減輕梗阻症狀，改善患者的進食狀況，達到姑息性治療目的。
(3)結腸鏡下局部注射化學藥物
在結腸鏡下將抗癌藥物直接注射到腫瘤組織中，通過藥物的局部作用使其壞死脫落，達到殺滅癌細胞、破壞癌組織的目的。常採用多點注射法，將化療藥物(如順鉑、絲裂黴素、博萊黴素、平陽黴素、5-氟脲嘧啶等)注射到大腸癌，以及大腸癌術後吻合口復發等局部晚期腫瘤，以解除癌性狹窄，可部分緩解患者症狀，起到局部姑息治療作用。
(4)結腸鏡下的光動力治療
經結腸鏡早期大腸癌黏膜切除術、熱消融術和局部注射藥物後，仍可能有腫瘤殘留，光動力治療可徹底消滅殘存腫瘤細胞，防止術後復發。
光動力治療結直腸癌的優點是癒合過程中不會引起疤痕性狹窄，因爲膠原未被破壞，故不會減少結腸的機械性張力。目前認爲，光動力治療尤其適用於治療結直腸腺瘤和小的癌腫。結腸癌光動力治療後，出血停止，便祕消除，無瘤生存期明顯延長。光動力治療還能有效控制併發放射性直腸炎患者的裏急後重、疼痛和出血等症狀。
(5)結腸鏡下的微波凝固治療
結腸鏡下微波加熱腫瘤組織溫度達42℃~44℃，可使腫瘤而使其發生變性、壞死、脫落，抑制腫瘤細胞生長。
隨着結腸鏡和內鏡下治療技術的發展，鏡下治療腫瘤的方法還將進一步增多，如125I離子植入、基因治療等。
