嬰兒咳嗽時，可以去兒科、小兒呼吸內科、小兒耳鼻喉科等科室掛號就診。
因嬰兒身體各項機能發育還不是特別完善，所以嬰兒咳嗽與成年人咳嗽所用的藥物不同。一般醫院都設有兒科，專門爲嬰幼兒診治疾病，所以嬰兒咳嗽時兒科。
咳嗽大多是因呼吸性疾病引起的，如嬰兒機體免疫力下降，使病毒、細菌、支原體、衣原體等病原體入侵呼吸系統，誘發感冒、支氣管炎、氣管炎、肺炎等疾病時，都有咳嗽症狀。如醫院科室分類較細，設有小兒呼吸內科，可去小兒呼吸內科就診。
部分醫院規模較大，科室分類相對較細，可能會設有耳鼻喉科，診治耳、鼻、喉等部位的病變。懷疑咳嗽是過敏性鼻炎、過敏性咽炎、鼻後滴漏綜合症等疾病引起時，也可以去小兒耳鼻喉科就診。具體掛號科室，還可諮詢醫院的導醫臺。
