病毒性腦炎危害性主要體現於：誘發繼發性癲癇、認知功能障礙、危及患者生命。
1、繼發性癲癇
癲癇是由於大腦神經異常放電所致。而病毒性腦炎未及時治療，會對大腦神經產生影響。當大腦神經受損時，患者會有短暫性意識障礙、大小便失禁、四肢抽搐、口吐白沫等繼發性癲癇症狀。需要長期服用抗癲癇藥物，控制發作。
2、認知功能障礙
病毒性腦炎影響到海馬、額葉、顳葉等部位，患者可出現記憶力下降，計算能力下降以及癡呆等症狀。有些患者因此精神方面會出現異常，而胡言亂語常出現幻覺。
3、危及生命
病毒性腦炎發病較急，尤其是單純皰疹病毒感染引起的病毒性腦炎又被稱爲急性出血壞死性腦炎，病情發展較較爲迅速，短期內可導致腦細胞大量死亡而危及患者生命。
