由於輸卵管管腔或周圍的炎症，引起管腔通暢不佳，阻礙受精卵孕卵正常運行，使之在輸卵管內停留着牀發育，導致輸卵管妊娠流產或破裂。導致異位妊娠的原因有以下幾種：
1、輸卵管炎症可分爲輸卵管黏膜炎和輸卵管周圍炎，兩者均爲輸卵管妊娠的常見病因。輸卵管黏膜炎嚴重者可引起管腔完全阻塞而致不孕，輕者輸卵管黏膜黏連和纖毛缺損影響受精卵的運行受阻而在該處着牀。輸卵管周圍炎病變主要在輸卵管的漿膜層或漿肌層，常造成輸卵管周圍黏連，輸卵管扭曲、管腔狹窄、管壁肌蠕動減弱，影響受精卵的運行。淋菌及沙眼衣原體所致的輸卵管炎常累及黏膜，而流產或分娩後感染往往引起輸卵管周圍炎。
2、輸卵管手術輸卵管絕育術後若形成輸卵管再通或瘻管，均有導致輸卵管妊娠可能，尤其是腹腔鏡下電凝輸卵管絕育及硅膠環套術；因不孕經接受過輸卵管分離黏連術，輸卵管成形術，如輸卵管吻合術、輸卵管開口術等；曾患過輸卵管妊娠的婦女，再次發生輸卵管妊娠可能大，不論是輸卵管切除或保守性手術後，再次輸卵管妊娠的發生率約爲10%～20%。
3、放置宮內節育器（IUD）IUD與異位妊娠發生的關係，已引起國內外重視。隨着IUD的廣泛應用，異位妊娠發生率增高，其原因可能是由於使用IUD後的輸卵管炎所致。另一方面，由於放置宮內節育環的異物反應，引起宮內白細胞及巨噬細胞大量聚集，改變了宮內環境，妨礙了孕卵着牀，但不能完全阻止卵子在輸卵管內的受精和着牀，因此使圈IUD者一旦妊娠，則異位妊娠機會相對增加。
4、輸卵管發育不良或功能異常輸卵管發育不良常表現爲輸卵管過長，肌層發育差、黏膜膜纖毛缺乏。其他還有雙輸卵管、憩室或有副傘等，均可成爲輸卵管妊娠的原因。輸卵管功能受雌、孕激素的調節。若雌孕激素分泌失常，可影響受精卵的正常運行。此外，精神因素也可引起輸卵管痙攣和蠕動異常，干擾受精卵的運送。
5、受精卵遊走卵子在一側輸卵管受精，受精卵經宮腔或腹腔進入對側輸卵管稱受精卵遊走。移行時間過長，受精卵發育增大，即可在對側輸卵管內着牀形成輸卵管妊娠。
6、輔助生育技術從最早的人工授精到目前常用促排卵藥物應用，以及體外受精–胚胎移植（1VF—ET）或配子輸卵管內移植（GIFT）等，均有異位妊娠發生，且發生率爲5%左右，比一般原因異位妊娠發生率爲高。其相關易患的因素有術前輸卵管病變、盆腔手術史、移植胚胎的技術因素、置入胚胎的數量和質量、激素環境、胚胎移植時移植液過多等。
7、其他輸卵管因周圍腫瘤如子宮肌瘤或卵巢腫瘤的壓迫，特別是子宮內膜異位症引起輸卵管、卵巢周圍組織的黏連，也可影響輸卵管管腔通暢，使受精卵運行受阻。也有研究認爲胚胎本身的缺陷、人工流產、吸菸等也與異位妊娠的發病有關。
