藥物流產實際上成功率不高，稍有不慎就會發生不完全流產，因此在藥物流產前，患者必須首先了解藥物流產可能發生的不良反應。通常常見的不良反應有有陰道流血、胃腸道反應、迷走神經興奮症狀等。
陰道出血
藥物流產後患者陰道出血時間一般在2周以內，出血量一般不超過平時月經量正常，藥物流產後出血時間超過2周或出血量超過平時月經量時，應儘量查明出血原因，及時清宮術。
胃腸道反應
一般爲米非司酮比較常見的一種不良反應。患者用藥後出現嘔吐、腹痛、噁心、腹瀉等，常伴有輕度發熱症狀。輕者可留待觀察，無需特殊的處理。重者應在臥牀休息的基礎上積極對症治療。
迷離神經興奮症狀
個別女性用藥後幾分鐘內可能會出現出汗、胸悶、心悸、煩躁、臉色蒼白、心情緩慢等迷離神經興奮症狀。
不全流產
臨牀上由米非司酮與米索前列醇配伍來終止早孕的成功率一般可達90%-99%，失敗的原因主要是發生了不全流產，即有部分的胚胎組織還滯留在宮腔內。
