百日咳桿菌侵入呼吸道後，附着在呼吸道上皮細胞的纖毛上繁殖併產生內毒素，引起纖毛運動障礙和纖毛細胞的破壞。支氣管粘膜廣泛炎症，粘液分泌物增多，纖毛損傷：積聚的分泌物不斷地刺激呼吸道神經末梢，刺激傳入至大腦皮層，反射地引起痙攣性咳嗽在大腦皮層咳嗽中樞形成了興奮竈。因此在恢復期或病癒數月後，由於哭鬧等因素仍可誘發百日咳樣咳嗽。 >>春季寶寶護理需留心 謹防幼兒百日咳
1、不少寶寶沒有及時接種或沒能全程接種預防疫苗(百白破三聯疫苗)，有人因爲這種疫苗的副作用較大而不願意接種。
2、百日咳桿菌“適應”了百日咳疫苗，產生了“免疫抵抗”，使原來的疫苗失去效用。
3、引起百日咳病症的病原菌更爲複雜了，除了百日咳桿菌外，還有副百日咳桿菌也能引起百日咳樣症狀。
