目前寨卡病毒的併發症尚不清楚。2015年寨卡病毒高發期間，新生兒出現小頭畸形的概率增高，多與寨卡病毒感染有關。另外，自波利尼西亞發現寨卡病毒後，患者得格林—巴利綜合徵的概率也增高。小頭畸形、格林巴列綜合徵可能爲寨卡病毒併發症。
何爲小頭畸形？小頭畸形指嬰兒頭部比同齡嬰兒頭部小很多，直接原因是媽媽在懷孕期間感染疾病，嬰兒在子宮內腦部發育異常。嬰兒小頭畸形也可能由其他原因所致，如環境污染、先天遺傳、媽媽喝酒過度或子宮有毒素等。另外，媽媽在懷孕期間感染病毒，如出風疹等，嬰兒出生後也有可能小頭畸形。小頭畸形兒大腦發育異常，智力會比同齡人低。
何爲格林巴利綜合徵？巴利綜合徵是一種常見的脫髓鞘疾病，臨牀表現有運動障礙、感覺障礙、放射障礙、植物神經功能障礙及乳頭水腫。病情危重者四肢癱瘓、吞嚥困難、呼吸困難，得不到緩解，生命會有危險，即使度過危險期，也有可能出現一系列併發症，如墜積行肺炎膿血癥、肺栓塞尿瀦留、褥瘡深靜脈血栓等。
