深度水解奶粉只是將蛋白質成分完全水解，即把大分子的蛋白質水解爲小分子的氨基酸，對蛋白質過敏的寶寶可以直接吸收這些小分子的氨基酸，從而減輕過敏症狀，保證生長髮育。 深度水解奶粉的營養元素其實並沒有變化，只是改變蛋白分子的結構，讓寶寶好吸收，也不會過敏。營養上還是一樣的。
科學家們通過大量研究發現，經過特有的水解技術，把牛奶大分子蛋白質變成短的片段後，可大大降低牛奶的致敏性。產生的水解蛋白具有減少或排除抗原的潛在能力。 水解蛋白是採用酶水解蛋白質變應原，使之分解成小分子或者多肽或者氨基酸。 而其中的脂肪和碳水化合物成分仍與普通配方奶粉相同，營養價值也是相似的，故適用於大多數牛奶蛋白過敏的嬰幼兒，能支持嬰兒正常的生長髮育。
一般水解蛋白奶粉味道都不怎麼好，因爲水解的原因，所以會有一些苦澀味。 深度水解奶粉又分兩類，一種是酪蛋白casein爲基礎的eHF,一種是以乳清蛋白Whey爲基礎的eHF。
針對寶寶過敏程度不同，氨基酸配方爲植物氨基酸混合配方，不含一點牛奶成分，屬無牛奶配方，適於牛奶過敏的診斷和重症的治療； 深度水解配方爲牛奶蛋白經工業化加工後的短肽配方，屬牛奶配方。適於牛奶過敏的治療，但不具診斷價值。 特殊配方奶粉分爲： 深度水解蛋白配方奶粉和氨基酸配方奶粉。 這兩種特殊奶粉必須要由醫生開處方指導購買，要在醫生的指導下給寶寶食用。
