如果確定孩子的黃疸是屬於病理性黃疸之後，就要立即進行治療。現在對於病理性黃疸的治療中，醫生通常會採用如下方法。
1、醫生會先查明初生兒的病理性黃疸是由什麼原因引起的，然後再對根源進行治理，只要切斷病因，初生兒的黃疸自然也就消退了，而且還不容易出現反覆。
2、通常在治療中會使用苯巴比妥類的藥物，雖然有很好的治療效果，但是會有嗜睡和吮奶緩慢的副作用。
3、只要孩子的黃疸是由膽紅素升高所引起的，都可以使用光療。醫生會視孩子的病情而酌情使用。特別是針對母子血型不合的溶血癥，只要是出現了黃疸就可以馬上採用光療。不過光療也有一些副作用，比如發熱、腹瀉、皮疹以及核黃素缺乏等。還會造成孩子的血小板減少以及青銅症，不過都會在光療結束後逐漸恢復。
現在醫學上對於新生兒的病理性黃疸中，基本都是採用以上方法來治療。此外，還有一種平時很少使用的換血療法。
