繼發性痛經有相應的生殖器病變，必須首先治療引起痛經的生殖器病變。
就像宮頸管狹窄的患者一樣，產後宮頸管狹窄的情況得到改善，經血出現經血不足、排出不良的痛經。盆腔炎患者經過消炎治療後，盆腔狀況得到改善，生理痛的狀況也得到緩和。
引起繼發性痛經的最常見病變是骨盆內膜異位症、子宮腺肌病。筆者多次診斷未婚女性在初潮多年後開始生理痛，認爲自己和監護人沒有結婚，不應該得婦科病，生理痛時忍耐或吃止痛藥就過去了。幾年後，婚前檢查發現骨盆內膜異位症、卵巢內膜異位囊腫對生育能力有很大威脅。
針對子宮內膜異位症和子宮腺肌和手術治療兩種選擇。
子宮內膜異位症引起的痛經優先於非固醇抗炎藥和口服避孕藥，療程一般爲6個月以上，與原發性痛經相同。如果治療效果不好，可以用促性腺激素釋放激素類似物進行治療，每次皮下或肌肉注射一每週注射一次，療程爲6個月。如果患者暫時沒有生育要求，不適合長期口服藥物，可以在子宮內放置左炔諾孕酮子宮內緩釋系統(也稱曼月樂、子宮內節育器)或緩釋孕激素的陰道環，減輕痛經的目的，明顯減少月經量。如果患者有生育要求，盆腔內有較大的子宮內膜異位囊腫，腹腔鏡下腔鏡下微創手術治療。
手術切除子宮通常是治療子宮腺肌病的最徹底的方法，但對於有生育要求或要求保留子宮的患者，促性腺激素必須釋放激素類似物質進行治療，療程相同。如果患者暫時沒有生育要求，子宮腔內放置左炔諾孕酮子宮內緩釋系統，或者陰道使用緩釋藥物是優先的方法。口服避孕藥也可以選擇，但一般不是優先的治療藥。
子宮腺肌病也可以通過子宮動脈栓塞術減輕生理痛、減少月經量等目的。但是，由於其操作者需要非常豐富的臨牀經驗，治療費用高，目前不推廣應用。
總之，繼發性痛經的治療首先要區分病因，與對症治療並存。忍受頑固的原發性痛經，將來有些人可能會發展成子宮內膜異位症。子宮內膜異位症合併不孕不育的發生率相當高。
