非淋菌性尿道炎患者和病原體攜帶者是本病的傳染源，要預防本病，就要切斷它的傳播途徑，本病可通過下面三種途徑傳播。
1、直接性接觸感染。與患非淋菌性尿道炎的患者性交時，可被傳染。男性患非淋菌性尿道炎，可通過性交傳染給女方；25%～50%患有衣原體性宮頸炎的女性，可經性交傳給男方。
2、間接接觸感染。使用患有非淋菌性尿道炎的患者用過的衣褲、牀上用品、毛巾、浴盆、抽水馬桶、便器等，可被傳染。
3、產道感染。患有非淋菌性尿道炎的產婦通過產道感染新生兒，婦產科醫生和母親的手指也可將病原體帶給新生兒。胎兒在子宮內也可發生感染。
其中，性接觸是非淋菌性尿道炎最主要的傳播方式。因此，要預防非淋菌性尿道炎，須做到：
1、避免男女雙方的不潔性交，避免婚外性行爲。
2、提倡使用避孕套。
另外，平時要注意清潔衛生，勤洗手，注意貼身衣物和日常生活用具的消毒。不要與他人共用盆、毛巾等，以避免間接感染。女性患陰道炎後應及早治療。
預防的關鍵是杜絕不潔性交。此外，公共浴堂的衛生也很重要，不與別人共用洗陰部的毛巾、盆具，不混用內衣褲。家中有嬰幼兒者，要嚴格物品及手的消毒，以防通過密切接觸傳播。
淋病加大了“非淋”發病的機會，故患淋病後要積極治療，徹底治癒。淋病治癒後要化驗檢查是否患有非淋菌性尿道炎。
