藥物流產藥物米非司酮的劑量僅爲原劑量的1/4~1/3，副作用不明顯，主要是加重早孕反應和疲勞。前列腺素的副作用主要是胃腸道反應，如噁心、嘔吐、腹瀉和子宮收縮引起的下腹痛。其他人有發燒、頭暈、皮膚髮紅和麻木等症狀。
爲預防或治療胃腸道副作用，可在用藥前後服用複方苯乙呢陡或胃復安，嚴重腹痛可給予冷丁或阿託類鎮痛解痙藥。但避免使用抗前列腺素的抗炎、氟滅酸或水楊酸製劑。少數孕婦服用米非司酮流產。
80%的孕婦在使用前列腺素類藥物後6小時內排出絨毛胎囊；約10%的孕婦在服藥後1周內排出。因此，只要有出血，就要注意排出物。如果組織在家中排出，必須帶醫生檢查是否有絨毛組織。
根據絨毛胎囊的排出或未排出，在用藥後8~15天內到醫療機構確定藥物流產的效果。醫務人員確定藥物流產失敗或不完全的，必須進行人工流產以終止妊娠。
雖然絨毛胎囊在藥物流產過程中已經排出，但子宮內的蛻膜組織排出緩慢，因此出血時間較長，平均爲18~20天。有些婦女會因出血多、時間長而貧血或併發子宮內膜炎、盆腔炎等。因此，藥物流產必須到具有急診刮宮手術和輸液等的醫療機構，在專門培訓的醫生篩選指導下應用，並按規定服藥、觀察、隨診，以便及時發現問題，及時處理。
