治療腹瀉的藥品主要分爲以下幾類：抗生素、微生態製劑、腸道黏膜保護劑和收斂止瀉劑。
選擇一：抗菌素
痢疾、大腸桿菌感染引起的輕度腹瀉首選黃連素。黃連素口
服吸收極差，幾乎只停留在胃腸道，不易透過胃腸道進入血液，不良反應較少。
推薦理由：此藥物美價廉，對旅遊者腹瀉有良效。
用藥提示：腹瀉較重且伴有全身症狀者應及時就醫。
選擇二：微生態製劑
此類藥如整腸生、培菲康、金雙歧、媽咪愛（嬰幼兒用）乳酸菌素片、米雅等，可補充生理性腸道益生菌、維持正常腸蠕動，緩解腹瀉、便祕等症狀。
推薦理由：此類藥物急性、慢性腹瀉都可用。尤其適用於消化不良導致的胃腸道功能紊亂症狀，也可作爲抗生素（氟哌酸膠囊等）治療後期補充腸道正常菌羣。
用藥提示：服藥水溫不宜過熱，也不宜與抗生素合用，如有需要合用至少要間隔兩個小時以上。
選擇三：止瀉劑
目前最常用的止瀉劑的通用名爲蒙脫石散（思密達、必奇、肯特令）。此類藥本身不被吸收，藥物口服後附着在腸壁，減緩腸蠕動而達到止瀉效果。可以用於成人及兒童各種原因引起的急、慢性腹瀉。
推薦理由：此藥副作用少，安全性較高。
用藥提示：有習慣性便祕者不宜使用。
選擇四：藥用碳片
能吸附腸內細菌及氣體，防止毒物吸收而止瀉。
推薦理由：此藥尤其適用於中毒性腹瀉，也可與其他治療腹瀉藥物合用。
用藥提示：因本品具有吸附性能，如正在服用其他藥物，應與本品間隔兩小時以上。
此外還可以選用中成藥、口服補液鹽等，可作爲症狀較輕的腹瀉的治療或輔助治療用藥。比較常用的中成藥有藿香正氣丸、和胃整腸丸、喇叭正露丸等，能和胃健脾、行氣止瀉、消脹定痛，對消化不良、嘔吐瀉泄有較好療效，是居家常備良藥。
