腹瀉與便祕的治療一般可以服用蒙脫石散、乳酸酵母菌等。
如果患者出現腹瀉和便祕交替的主要疾病，常見的是功能性胃腸病，患者腹瀉時可以每天排便數次，大便質地也比較稀。當便祕發作時會出現排便困難，每週排便少於三次，另外腸道菌羣失調也可以引起腹瀉和便祕交替。對症治療主要是當腹瀉時給予止瀉收斂的藥物口服，比如說蒙脫石散。當便祕發作時可以給予胃腸動力藥物，比如莫沙比利或依託比利等。補充腸道益生菌也可以改善患者腹瀉便祕交替的症狀，比如說金雙歧、乳酸酵母菌等。
便祕通常是由於糞便在消化道中，移動太慢或無法有效地從直腸排出時，糞便脫水、硬化和乾燥引起。慢性便祕的病因很多，通常是多種因素綜合作用的結果。例如可能與直腸和肛門疾病等器質性病理因素、結腸傳輸和排便功能障礙等功能因素，以及兩者共同作用的結果有關，此外年齡增長、不良生活方式和心理壓力也是便祕的高危因素。
腹瀉與便祕的日常焦點是生活方式的改變，通過合理的飲食和鍛鍊，多喝水，養成良好的排便習慣，可以緩解便祕症狀或預防便祕。日常生活管理食用含有益生菌的食物，如奶酪，也有助於消化。還可以試着保持活躍，試着經常鍛鍊。管理個人情緒，減輕生活壓力。此外尤其是刺激性瀉藥，不應長期頻繁使用，以避免依賴。平時還需要注意腹部按摩，定期腹部按摩可以促進腸道血液循環，改善腸道功能，從而減輕症狀。
