口瘡的原因不是細菌和病毒感染，而是刺激或咬傷口腔粘膜，如牙刷不當或吃刺和優質食物。齲齒或牙齒和殘根刺激嘴脣或舌頭的粘膜，以及消化不良、便祕或腸道蛔蟲；睡眠不足、突然改變生活規律、精神刺激等因素也是口瘡的原因。
此外，女性在月經早期也會誘發口瘡。
抗生素不能用於治療上述導致口瘡的原因。
窄譜抗生素治療不僅達不到治療目的，還會破壞正常腸道菌羣"二重感染"，加重病情。因此，用抗生素治療長口瘡是有害的。
