我們知道急性肝炎和慢性肝炎的用藥是不同的。由於急性乙型肝炎的病程有很大的自限性，治療應簡單。基本原則是保護肝細胞，促進黃疸消退。不能進食或食慾不振的患者可以適當補充靜脈補液和維生素。由於大多數藥物的新陳代謝都在肝臟中進行，過於複雜的藥物治療必然會增加已經生病的肝臟負擔。
目前治療慢性乙型肝炎是抗病毒治療。抗病毒治療的目標是抑制HBV複製，改善肝組織病變，預防肝硬化和肝癌。由於乙型肝炎病毒具有很強的抵抗力，抗病毒治療必須持續至少36個月的足夠療程，建議使用12個月。
抗病毒方面有干擾素(主要是α干擾素)、核苷類藥物(如拉米夫定、恩替卡韋、阿德福韋)等。；在免疫調節方面，有胸腺素(肽)、各種多糖等。這些藥物應該在專家的指導下使用。
