灰指甲的治療可以說是一項大工程，一般治療過程在2～3個月甚至更長，部分患者醫治時間長達到1年。另外是多種藥物聯用，內服藥和外用藥聯用，或手術方法與其他治療聯用。
其中，灰指甲的藥物治療在以前都是首選灰黃黴素，一般指甲癬需連續用2~3個月，趾甲癬則爲6~10個月。目前，灰指甲的治療藥物還有鹽酸特比萘芬片（倍佳）和伊曲康唑膠囊（斯皮仁諾膠囊）等新一代抗真菌藥，可用於各類真菌感染，尤其適於治療甲真菌病。
鹽酸特比萘芬片
指甲真菌病：第一週每日250毫克，每日1次，口服；第2~7周，改爲隔日1次，每日250毫克。
趾甲真菌病：第一週每日250毫克，每日1次，口服；第2～11周，改爲隔日1次，每日250毫克。
停藥後病甲好轉，直至新甲完全長出。適用於甲癬或輕型趾甲癬病人，對於較重趾甲癬，每日服藥法的療程可延長至2個月。或每次250毫克，每日1次，連續服用半年。
伊曲康唑膠囊
適用於手足癬角化型伴多個甲癬者。連續治療：每次口服200毫克，每日1次，連續服用3個月。
指甲癬：每次200毫克，每日2次，連續1周，停用3周，第5周開始按每次200毫克，每日2次服用，再連服1周。
趾甲癬：每次200毫克，每日2次，連續1周，停用7周，第9周開始按每次200毫克，每日2次服用，再連服1周。
對於少數非皮膚真菌感染的患者，建議口服伊曲康唑膠囊和鹽酸特比素萘芬片行衝擊治療。
注：藥物劑量需諮詢藥師或醫師。
