肉芽腫性前列腺炎的發病率與局部強烈的異物反應有關。前列腺導管阻塞是主要因素，包括細菌感染引起的炎症過程或外科創傷引起的組織壞死，前列腺增生也可能引起或加重前列腺導管阻塞。感染和炎症破壞導管和腺上皮，細胞碎片、細菌毒素和前列腺分泌物進入組織間隙，成爲基質內的異物，刺激肉芽腫炎症反應。肉芽腫炎症可能有限也可能涉及整個前列腺。炎症緩解緩慢，大約需要2~3個月，局部被纖維結締組織取代，紋理髮生變化。專家根據病因將肉芽腫性前列腺炎分爲四類：
非特異性佔70%，常繼發於近期尿路感染。
2.尿道術後或針吸活檢後佔24%。尿道手術包括TUR-P和TUR-Bt，半數在術後6個月內發病。
3.特異性佔3%。病原微生物包括細菌、結核菌、布氏桿菌、梅毒螺旋體、病毒和真菌。其中，膀胱腫瘤電切術後灌注卡介苗和肉芽腫前列腺炎的發病率爲0.9%～1.3%，僅次於膀胱炎和發熱。也有人對膀胱灌注卡介苗患者的前列腺進行病理檢查，發現該病的發病率其實很高(41%~75%)。從開始灌注到發現該病平均需要1年左右(3~25個月)。
4.系統性肉芽腫病佔3%，是前列腺局部累及全身多器官的肉芽腫病，包括過敏性肉芽腫病(Churg-Strauss綜合徵)和Wegener肉芽腫。前者通常與多器官肉芽腫和哮喘有關，也被稱爲嗜酸細胞肉芽腫前列腺炎，因爲肉芽腫中有明顯的嗜酸細胞浸潤。後者是一種遺傳性疾病，多合併呼吸道肉芽腫和脈管炎。
