慢性非細菌性前列腺炎是最常見的前列腺炎，其病因十分複雜，主要病因多是病原體感染、炎症和異常的盆底神經肌肉活動和免疫異常等共同作用結果。
1）病原體感染
非細菌性前列腺炎患者雖然常規細菌檢查未能分離出病原體，但可能仍然與某些特殊病原體有關，如患者受某些特殊病原體如厭氧菌、L型變形菌、納米細菌、或沙眼衣原體、支原體等感染。
2）排尿功能障礙
尿道出口梗阻等原因造成的殘餘尿會造成尿液反流入前列腺，不僅可將病原體帶入前列腺，也可直接刺激前列腺，誘發無菌的前列腺炎。
3）精神心理因素
人的精神狀態、心理因素也是很多疾病的誘因。當今社會的生活壓力很大，焦慮、煩躁、壓抑、精神緊張等負面情緒和心理因素都可能會引起內分泌失調和神經功能紊亂，這些都可能引起或促進前列腺炎的形成。
4）免疫因素、氧化應激也對前列腺有影響，個人身體免疫能力的高低、氧自由基的產生的多少、自由基的清除體系作用大小，都關係到前列腺炎的發生和發生程度。
5）盆腔相關疾病因素
間質性膀胱炎是可能的病因，前列腺外周帶靜脈叢擴張、痔、精索靜脈曲張等是造成慢性非細菌性前列腺炎發生或久治不愈的原因。
