特異血清病原學檢查是確診的依據。
1.酶聯免疫試驗(ELISA)檢測血清中抗-HEVIgM，爲確診急性戊型肝炎的指標。是用重組或人工合成多肽作抗原。國內應用本法檢測111例急性戊型肝炎，抗HEV陽性率爲86.5%，檢測32例恢復期患者，抗-HEV陽性率6.3%，提示抗-HEV持續時間較短，病後5～6月63%轉陰。
2.蛋白吸印試驗(WesternBlot，WB)此法較ELISA法靈敏和特異，但操作方法較複雜，檢測所需時間較長。
3.聚合酶鏈反應(polymerassChainReaction,pCR)用以檢測戊型肝炎患者血清和糞便中HEV-RNA，本法靈敏度高，特異性強，但在操作過程中易發生實驗室污染而出現假陽性。
4.免疫電鏡技術(IEM)和免疫熒光法(IF)用以檢測戊型肝炎患者糞便、膽汁和肝組織中HEV顆粒和HEV抗原(HEAg)。但此兩種方法均需特殊設備和技術，且HEV在肝組織、膽汁和糞便中存在時間較短，陽性率較低，不宜作爲常規檢查。
