結腸休息室應與腸壁運動異常性疾病鑑別，常見的有腸刺激綜合徵、腫瘤、闌尾炎、結腸炎性疾病等。
1、結腸癌
結腸癌與休息室疾病有很多相似之處:隨着年齡的增長發病率的增加，可以發生在任何結腸部位，乙狀結腸多發，臨牀症狀相似，大便習慣變化，下腹痛，引起障礙和穿孔，臨牀疾病隱藏但是，休息室炎症腹痛嚴重，伴有發熱、白細胞增多，結腸癌出血是潛血陽性或少量出血，休息室疾病出血少，中等或大量出血。約20%的休息室患者合併了息肉和腫瘤。鋇灌腸診斷腫瘤假陽性率爲10%~20%。診斷息肉的假陽性率爲22%~35%。因此，對於左側結腸病變，乙型結腸鏡是優先的檢查手段。
2、闌尾炎
盲腸休息室炎或乙狀結腸休息室炎位於右下腹時，可以出現類似闌尾炎的症狀，但闌尾炎比休息室炎更常見，具有轉移性腹痛的特點。盲腸休息室炎的初期疼痛固定在右髂窩上，不是臍周和上腹部，疼痛也不是從臍周和上腹部開始，從症狀住院時間長(3~4天)，嘔吐少見，噁心和腹瀉多見。如果不排除闌尾炎，需進行手術探查，如發現有憩室炎，通常一併切除。因此，遇到右下腹疼痛而病因不明確時，可行CT掃描以排除憩室炎。
3、炎症性腸道疾病
結腸炎性疾病和休息室炎症均可引起腹痛，大便習慣改變，便血和發熱。潰瘍性結腸炎容易與休息室炎鑑別，潰瘍性結腸炎幾乎影響直腸，直腸鏡檢查可以簡單準確地排除潰瘍性結腸炎。憩室炎和克羅恩病均可形成竇道、梗阻和膿腫，當造影發現多發的腔內病變和縱形的黏膜下瘻管，則克羅恩病的可能性較大。老年病人的憩室病和克羅恩病較難鑑別時，可行灌腸或內鏡檢查以獲正確診斷。
4、消化道出血
憩室併發出血時，症狀類似十二指腸潰瘍出血，如經直腸排出大量鮮紅血液，常伴有低血容量休克表現，應仔細鑑別。詢問病史、體檢、留置胃管、胃鏡檢查，可排除上消化道出血。先天性血管發育不良、動靜脈畸形、毛細血管擴張、血管疾病等是下消化道出血的原因。憩室疾病併發大出血，核素掃描和腸鏡檢查有助於診斷，但選擇性腸繫膜動脈造影在急性出血時是最可靠、最有確診意義的檢查，根據造影血管的行走、分佈、造影劑是否溢出和腸管顯影來判斷病竈的位置，區分憩室、腫瘤和血管畸形。
