中藥灌腸療法治療結腸炎，可以使藥物直接到達病變部位，同時能起到局部清洗清潔的作用，達到止瀉消炎、解抽解痛、改善局部血液循環和新陳代謝，增強腸道免疫功能，促進潰瘍癒合的目的。具體藥物和操作如下:
1、菊花30g、白朮15g、防風10g、甘草10g、白芷8g、米殼15g。便血重時加入防風炭、雲南白藥適量，潰瘍廣的人加入雷公藤6g。用藥水煎後，用雙層紗布過濾渣，回鍋濃縮到60~80ml，用藥液保留灌腸，每晚1次，連續7~10天爲1個療程。
2、黃芪、白朮、丹蔘、白芍各20g、黃連、黃芩苷、側柏葉、防風各15g、金銀花、連翹、白及、面料各10g，每藥煎3次，每藥煎250ml，3次共750ml，其中早、午飯前各服250ml，其餘250ml藥液在晚上睡前用於灌腸。
3、苦蔘30g、地榆15g、槐花15g。水煎濃縮到100~250ml，將珍珠層粉6g溶解在藥液中，保留灌腸。腹痛明顯無藥，莪術行氣活血，散瘀止痛大便次數增多，結腸水腫明顯者，加入薏仁利水消腫，健脾止瀉，清熱排膿。
4、生蒲黃10g、鶴草、敗醬草、乳香各15g，無藥6g，燒龍骨10g先煎，生蠔10g先煎，紅石脂10g先煎。將藥煎至200毫升藥液，每晚睡前灌腸，15天爲一個療程。
5、用壁虎研究結束後合白，煎成粘性湯保留灌腸，每3天1次，5次爲1個療程。另外，將壁虎、白色和各半研究粉放入膠囊中，每次2~3粒，灌腸間歇服用，1個療程結束後服用膠囊2周，治療期間可停用其他西藥。中藥灌腸應每晚睡前進行，灌腸前排出大便，藥液溫度宜爲36℃~39℃。
